Nella produzione del film, Mike Newell, ha preferito estrarre la storia di Prince of Persia dal videogioco, ma realizzare una trama indipendente dal videogioco, sebbene molti elementi presenti traggono spunto da diversi capitoli della saga.
Trama
Dastan, orfano cresciuto per le strade di Babilonia, viene adottato dal Re Sharaman facendolo divenire il terzo Principe di Persia. Cresciuto guida assieme ai suoi due fratelli, Tus e Garsiv, l’esercito persiano alla conquista della città di Alamut rea di nascondere armi nemiche.
Durante la battaglia Dastan entra in possesso di uno strano pugnale, un pugnale in grado di riavvolgere il tempo grazie ad una sabbia magica contenuta nel suo manico.
Nel frattempo il re viene assassinato e la colpa ricade su Dastan, costretto a scappare lascia la città assieme alla principessa Tamina, principessa di Alamut.
Lo zio di Dastan e fratello del re Sharaman, Nizam, fa di tutto per cercare di recuperare questo pugnale per utilizzarlo per tornare indietro nel tempo fino al giorno in cui salvò il fratello da una leonessa per cambiare il corso della storia e lasciarlo morire diventando quindi l’unico erede al trono. Il pugnale però è in grado di rompere il sigillo della clessidra che contiene le intere sabbie del tempo che distruggerebbero il mondo.
Dastan e Tamina decido di portare il pugnale al sicuro, ma vengono intercettati dai guerrieri di Nizam che sottraggono loro il pugnale. I due si dirigono dove è nascosta la Clessidra e vi trovano Nizam intento ad aprirla; nello scontro Nizam riesce ad infilare il pugnale nella clessidra, ma Dastan riesce anche ad estrarlo repentinamente. Il tempo però è statoriavvolto e si ritrovano nel momento successivo alla vittoria ad Alamut.
Dastan informa Tus delle intenzioni di loro zio e che non ci sono armi nella città, era tutta una scusa inventata da Nizam per attaccare Alamut e impossessarsi del pugnale. Nizam cerca di colpire Dastan ma viene ucciso dal primogenito del re convintosi del tradimento dello zio.
In segno di scuse, Tus propone suo fratello Dastan in sposa alla Principessa Tamina il quale riconsegna il pugnale alla donna. Tamina capisce di potersi fidare di lui anche se non sa quello che sarebbe successo se Dastan non avesse utilizzato il pugnale in quel futuro che ormai era impossibile da realizzarsi.
Inizialmente l’adattamento del film sarebbe stato affidato a Michael Bay, ma la Disney pochi giorni dopo lo ha sostituito con Mike Newell (Harry Potter e il Calice di Fuoco). Secondo alcune indiscrezioni Bay avrebbe deciso di lavorare al sequel di Transformers e per questo la produzione l’avrebbe sostituito.